Ο νέος αυτός Ιερομάρτυρας, καταγόταν από τη Μυτιλήνη και ήταν γιος θεοσεβών γονέων. Ο Παρθένιος αφοσιώθηκε στις μελέτες και έγινε ένας από τους σοφούς του 17ου αιώνα.
Χειροτονήθηκε ιερέας και αργότερα έγινε Αρχιερέας και ποιμένας της Χίου.
Στα τέλη του 1656 έγινε Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, σαν διάδοχος του Πατριάρχη Παρθενίου του Β’. Σαν Μητροπολίτης, αλλά και σαν Πατριάρχης αναδείχτηκε άνδρας ευλαβής, χρηστός, λόγιος και ζηλωτής των καλών πραγμάτων και της ευσέβειας. Σαν Πατριάρχης, ανέπτυξε ιδιαίτερα την Ελληνική παιδεία.
Κάποια επιστολή του όμως, έπεσε στα χέρια της υψηλής Πύλης, που θεώρησε το περιεχόμενο της επαναστατικό. Έτσι ο τότε Σουλτάνος Ιμπραήμ ο Α’, διέταξε τη θανάτωση του Πατριάρχη Παρθενίου. “Ετσι συνελήφθη και τον πίεζαν να δεχτεί τον ισλαμισμό για να σωθεί. Αλλά ο Παρθένιος έμεινε αμετακίνητος στην πίστη του.
Τότε το Σάββατο του Λαζάρου, στις 24 Μαρτίου 1657, τον κρέμασαν στην Καγκελωτή πύλη Παρμάκ – Καπού. Με διαταγή του Μ. Βεζίρη Μεχμέτ Κιουπουλού το λείψανο, παρέμεινε κρεμασμένο για τρεις μέρες και κατόπιν το έριξαν στη θάλασσα. Αργότερα το παρέλαβαν οι χριστιανοί και το έθαψαν σ’ ένα νησί “τη λεγομένη των Πριγκίπων”. Μαρτύριο του Αγίου αυτού, συνέγραψε ο Συρίγου Μελέτιος.
.