Ειδική μέριμνα για την λειτουργία των Επιτροπών Φαρμάκων Εξωτερικού και Υψηλού Κόστους λαμβάνει ο ΕΟΠΥΥ, προκειμένου να προστατευθεί, κατά την διάρκεια της απεργίας, η υγεία των ασθενών- ασφαλισμένων του Οργανισμού.
Ειδικότερα, τα περιστατικά που παραπέμπονται στην Επιτροπή και εφόσον οι γιατροί ειδικότητας απεργούν και αφορούν συνεχιζόμενη θεραπεία, δίνεται η δυνατότητα συνέχισης της θεραπείας για ένα μήνα, χωρίς απόφαση της Επιτροπής.
Για τα παιδιατρικά περιστατικά που αφορούν σε πρόληψη σοβαρής νόσου του κατώτερου αναπνευστικού συστήματος που απαιτεί εισαγωγή στο νοσοκομείο οφειλόμενης στον αναπνευστικό συγκυριακό ιό (respiratory syncytial virus RSV) δίνεται η δυνατότητα προέγκρισης από ιατρό-παιδίατρο αναπληρωματικό μέλος της Επιτροπής Φαρμάκων Αθήνας.